Коріння кафедри йде до 1805 ріку, коли в складі відділення лікарських та медичних наук Університету була відкрита кафедра патології, терапії та клініки і студенти отримали можливість осягати терапевтичні науки і відточувати практичні навички під наглядом досвідчених лікарів. Потім, у 1863 даний підрозділ було реорганізовано в кафедру хірургії та терапії, додатково була відкрита терапевтична клініка на 75 ліжок.
У 1920 році при большовицької влади більшість університетів було закрито, так не стало і університетського медичного факультету.
У 1992 році з набуттям Україною незалежності та демократичного відродження стало можливим відновлення класичного медичної освіти.
20 листопада 1992 Міністерство освіти і науки України наказом №185 доручило університету відновити підготовку медичних фахівців з наданням їм права займатися лікарською діяльністю. У березні 1993 року був відкритий медичний факультет (до 2008 року – факультет фундаментальної медицини) і розпочався другий етап підготовки лікарів в Університеті.
Кафедра внутрішньої медицини (до 2008 року – внутрішніх хвороб) стала однією з факультетообразуючих і її вік повністю збігається з віком медичного факультету.
З дня заснування і до теперішнього часу кафедрою керує перший декан медичного факультету, доктор медичних наук, професор Яблучанський Микола Іванович. Саме з його ініціативи в основу науково-педагогічної діяльності кафедри були покладені кращі традиції всесвітньо відомої харківської терапевтичної школи, створеної з часів заснування медичного факультету Харківського імператорського університету.
Навчальні програми дисциплін кафедри для кожного з курсів були складені згідно кредитно-модульної системи, яка є крізною з першого до останнього дня навчання студентів на факультеті.
В основу викладання пропедевтики внутрішньої медицини з самого початку існування кафедри покладено синдромний принцип, а замість факультетської та госпітальної терапії викладаються внутрішні хвороби. Даний підхід згодом став використовуватися у всіх інших медичних установах медичного профілю країни.
Крім навчальної роботи з 1992 року на кафедрі оновилися наукові дослідження, основна увага приділялася питанням оптимальності хвороби; нейрогуморальної регуляції у розвитку, діагностиці та лікуванні внутрішніх хвороб; розробці та практичному застосуванню нових методів діагностики, прогнозування та лікування пацієнтів із серцево-судинними захворюваннями.
З 1992 році силами співробітників кафедри видається журнал «Вісник Харківського національного університету імені В. Н. Каразіна», серія «Медицина» (до 2002 року – «School of Fundamental Medicine Journal»), який входить до переліку фахових видань ВАК України.
З 2003 року спільно зі студентами виконуються науково-дослідні роботи з державним фінансуванням. Так, в 2003-2005 роки досліджувалися нелінійні динамічні ефекти в автономній регуляції серцевої біомеханіки; в 2006-2008 роках розроблялися технології біозворотного зв’язку на основі варіабельності серцевого ритму для пацієнтів з артеріальною гіпертензією; в 2010 році стартувала робота по медикаментозному менеджменту пацієнтів з електрокардіостимуляторами. Результати цих НДР впроваджені в клінічну та педагогічну практику кафедри внутрішньої медицини ХНУ імені В. Н. Каразіна та кафедри терапії та нефрологи Харківської медичної академії післядипломної освіти МОЗ України, Харківської клінічної лікарні на залізничному транспорті №1 філії «Центр охорони здоров’я» публічного акціонерного товариства «Українська залізниця», Харківських міських поліклінік № 6 і №24.
З 2009 р викладання дисциплін кафедри ведеться англійською мовою.